Effetto della terapia biologica sul microbiota intestinale di pazienti affetti da malattia infiammatoria cronica intestinale

Abstract

Introduzione Le malattie infiammatorie croniche intestinali (MICI) sono patologie con eziologia multifattoriale e patogenesi autoimmune. Tra i fattori eziologici chiave si riconosce il microbiota intestinale, che, secondo i dati di letteratura, presenta squilibri nei pazienti affetti da MICI rispetto ai soggetti sani, con incremento di specie pro-infiammatorie, calo di specie anti-infiammatorie e della biodiversità. Non è ancora stato stabilito se e come il microbiota sia in grado di influenzare la risposta alla terapia delle MICI o se al contrario la terapia sia in grado di modificare le caratteristiche del microbiota, in primis la terapia biologica, sempre più utilizzata in questi pazienti per efficacia e sicurezza superiori rispetto alle terapie tradizionali. Scopo dello studio è quello di descrivere eventuali modificazioni del microbiota intestinale di pazienti affetti da Morbo di Crohn (CD) e sottoposti a terapia biologica con anti-TNFα. Materiali e Metodi L’arruolamento è stato condotto presso la UOC di Gastroenterologia ed Endoscopia digestiva della Azienda Ospedaliero-Universitaria di Parma dal settembre 2020 al giugno 2021. Per ogni paziente sono stati raccolti 3 campioni consecutivi di feci prima dell’inizio della terapia, dopo l’induzione e dopo 12 settimane di terapia (T0-T1-T2). Sono inoltre stati raccolti dati demografici e clinici tra cui CDAI score per l’andamento clinico di malattia e SES-CD score per l’andamento endoscopico del CD. L’analisi dei campioni è stata condotta mediante shotgun metagenomics presso il Laboratorio di Probiogrnomica dell’Università di Parma. Sono state calcolate per ogni campione l’alfa diversità (species richness) e la beta diversità per ogni paziente calcolando le differenze tra T0 e T2 secondo matrici di Bray-Curtis. Risultati Sono stati arruolati 13 pazienti adulti affetti da CD, naïve alla terapia biologica e sottoposti ad anti-TNFα (infliximab o adalimumab). Tutti i pazienti sono risultati essere responder alla terapia, con un abbassamento di CDAI e SES-CD. Sono stati analizzati un totale di 38 campioni (3 tempi per 12pazienti e T0-T2 per un solo paziente). In totale sono state isolate 160 specie con un’importante variabilità interindividuale nella loro distribuzione. Il calcolo della beta diversità ha dimostrato che il microbiota intestinale ha subito variazioni per ogni paziente nel corso del follow up, senza tuttavia la possibilità di identificare cluster di campioni con caratteristiche simili. Sono state quantificate le specie più condivise in T0-T1-T2, inoltre è stata calcolata l’abbondanza di ogni specie e la percentuale di variazione tra T0 e T2, identificando quali specie sono aumentate e quali diminuite in seguito a terapia. Discussione e conclusioni I dati emersi dai sequenziamenti collocano il presente studio nell’ambito dell’analisi di “big data”. La variabilità interindividuale e la numerosità di specie isolate in assenza di chiari pattern capaci di accumunare cluster di campioni rendono i dati ottenuti finora preliminari. La prosecuzione dell’analisi dei dati ottenuti e l’ampliamento del campione con il possibile arruolamento di una coorte di pazienti resistenti a terapia potrebbero consentire l’individuazione di pattern del microbiota capaci di predire e dimostrare la risposta alla terapia quali possibili marker da applicare alla pratica clinica.